1.    Logo STTBM merupakan logo yang dibentuk dari simbol Alkitab yang terbuka, ada warna kuning, merah, di dalam ada huruf M, denganlambang gereja, dan disebelahnya tulisan STT Baptis Medan, dengan warna hitam.

2.    Alkitab yang terbuka,di atasnya ada huruf M,didalamnya lambang gereja, memiliki arti:  Kebenaran Alkitab sebagai dasar berteologi, berprilaku, dan memiliki jiwa missisoner seperti gereja mula-mula, dimana STTBM sebagai lembaga pendidikan tinggi bertanggung jawab mencerdaskan kehidupan bangsa lewat pengamalan tri dharma perguruan tinggi (pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat).

3.    Warna unggu melambangkan kemuliaan bagi Allah.

4.    Warna kuning melambangkan optimis menghadapi berbagai tantangan.

5.    Warna merah melambangkan, keberanian dan kerelaan berkorban.

6.    Warna hitam melambangkan ketegaran.